ユーグレナは、微細藻類ユーグレナ（ミドリムシ）由来原料を100％使用した次世代バイオディーゼル燃料を試製し、いすゞが実施する性能実証試験において、ユーグレナ由来原料100％燃料が石油由来の軽油と同等の性能を有していることを確認した。両社は、2014年からユーグレナを原料とした次世代バイオディーゼル燃料の実用化を目指すため、共同研究契約を締結し、「DeuSEL（デューゼル）プロジェクト」として取り組んできた。

バイオディーゼル燃料の製造は、主な原料として使用済み食用油が使用されているが、世界規模でのバイオ燃料需要の高まりにより、使用済み食用油の価格高騰や将来的な供給量不足といった問題が懸念されている。ユーグレナは耕作不適地での培養が可能であることや、食用油の原料となる植物よりも油脂生産の効率が高い。ユーグレナはバイオ燃料の実証製造プラントで、次世代バイオディーゼル・バイオジェット燃料を生産しているが、2025年末頃を目処に実証プラントの2000倍規模の生産能力をもつ大型商用プラントの建設を計画している。