通期売上を1兆1150億円から1兆0080億円、営業利益を1060億円から370億円、最終損益を150億円の黒字から300億円の赤字へ下方修正した。想定よりも緊急事態宣言の発令期間が延長され、運輸収入の回復の立ち上がり時期が遅れており、7月末に続き2度目の下方修正で赤字転落となった。ビジネス利用が戻らず新幹線利用客の落ち込みが大きい。

また岐阜県のリニア中央新幹線瀬戸トンネルの工事現場で崩落事故があり、作業員2人が死傷した。トンネル工事は崩落事故が相次いでおり、工法に問題があるとされており、赤字転落の決算発表日に間の悪いこととなった。